Para ejecutar un programa en inicio de Windows deberás arrastrar el acceso directo del programa a la siguiente carpeta:
C:\Users\USUARIO\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup
Debes de reemplazar "usuario" por tu nombre de usuario en Windows. Puedes utilizar el comando Windows + R para abrir el programa Ejecutar y así introducir la dirección de arriba. De esta manera podrás acceder más rápidamente a la carpeta.
Todos los accesos directos que muevas aquí se ejecutarán en el inicio de Windows.